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II Museo di Lipari è attualmente suddiviso in cinque sezioni che illustrano la millenaria storia dell'arcipelago. Alcune di esse si trovano all'interno di edifici di antica costruzione, come il seicentesco palazzo vescovile, adiacente alla Cattedrale di S. Bartolomeo, che ospita il Padiglione di Archeologia Preistorica, e le vicine case Acunto, sede della Sezione di Preistoria delle isole minori, del Padiglione di Vulcanologia, della biblioteca e dei laboratori. La Sezione di Archeologia Classica, a Nord della Cattedrale, si trova invece all'interno di uno dei palazzi di età fascista costruiti intorno al 1920; allo stesso periodo appartiene il piccolo edificio destinato alla Sezione Epigrafica, all'interno del parco, alle spalle della Sezione Preistorica.
Gli ampliamenti più significativi sono stati realizzati negli anni 80 e 90 nel Padiglione di Archeologia Classica dove sono state allestite nuove sale dedicate all'Archeologia sottomarina, alla collezione delle maschere e statuette teatrali, alla Lipari di età romana.
La visita al Museo Archeologico di Lipari rappresenta una tappa fondamentale ed emozionante per chi vuole conoscere l' origine degli insediamenti e la storia delle isole Eolie.
II percorso à agevolato e ben guidato dalla presenza in ogni sala di apposite didascalie, in italiano ed in inglese: didascalie rosse con le informazioni principali, didascalie nere per una visita più approfondita.
Attualmente è articolato in cinque padiglioni, allestiti all'interno degli edifici medievali e moderni preesistenti sul Castello:

- la Sezione preistorica espone i reperti provenienti dagli scavi degli insediamenti preistorici del Castello di Lipari e di altre località dell'isola, dalla cultura più antica di Castellaro Vecchio (intorno al 4000 a.C.) fino alla distruzione del villaggio della cultura dell'Ausonio Il (fine X- inizi IX secolo a.C.) (sale I-IX). L'ultima sala (sala X) è dedicata alla fondazione della Lipàra greca nel VI secolo a.C. e raccoglie i reperti provenienti dall'acropoli sul Castello, in particolare gli oggetti rinvenuti all'interno del bothros di Eolo, e dall'abitato che si estendeva alle pendici della rocca e nella contrada Diana.

- il Padiglione epigrafico, al quale si accede dalla sala X della Sezione Preistorica, conserva oltre trecento cippi o stelai funerarie, che recavano scritto il nome del defunto o dediche di vario genere, provenienti dallo scavo della necropoli greca e romana di contrada Diana.

- la Sezione delle isole minori è dedicata agli insediamenti preistorici delle isole minori dell'arcipelago delle Eolie(sale XI-XV).

- la Sezione di Archeologia Classica è articolata su tre piani. A destra dell'ingresso, nella sala XIX, è la ricostruzione della necropoli dell'Ausonio II (inizi del XII secolo a.C.) ritrovata a Lipari nell'ex piazza Monfalcone. Nella sala XX sono esposti i tipi più caratteristici di sarcofagi in terracotta e in pietra lavica, di grandi vasi utilizzati come contenitori del corredo funerario o, più di rado, delle ceneri del defunto, e delle stelai tombali provenienti dalla necropoli che si estendeva in età greca nella vasta area pianeggiante della contrada Diana, tra il Vallone Ponte (a Sud) ed il Vallone S. Lucia (a Nord), al di fuori del centro abitato. Gli scavi archeologici nella necropoli hanno portato alla luce, fino ad oggi, quasi 3000 tombe, dotate nella maggior parte di ricchi corredi funerari (vasi di forme diverse, oggetti personali, statuette, maschere, gioielli) posti prevalentemente all'esterno della sepoltura, nell'angolo Sud-Ovest, all'interno di grandi vasi. I corredi funerari sono esposti ai piani superiori: dalla sala XXI alla sala XXV i corredi di età greca (dalla colonizzazione nel 580 a.C. fino alla conquista dei Romani nel 252/51 a.C.), nella sala XXVI i corredi di età romana. In quest'ultima sala sono raccolte inoltre le ceramiche di età medievale e rinascimentale.
Tornando al piano terreno, la sala XXVII ospita i reperti rinvenuti sui fondali delle isole Eolie; si tratta di anfore per il trasporto di alimenti (olio, vino, grano), di vasi, di ancore, trasportati dalle navi che, in transito nei mari eoliani, sono affondate sulle secche o contro gli scogli a causa di improvvise tempeste.
I fondali marini delle isole Eolie costituiscono un vero e proprio cimitero sommerso di navi. Il materiale archeologico fino ad ora recuperato, frutto sia degli scavi condotti a partire dagli anni '60, sia di recuperi occasionali, proviene da circa venti relitti di navi.
Queste, sorprese durante la navigazione da venti improvvisi, soprattutto di Scirocco e di Grecale, avranno fatto naufragio contro le scogliere o sulle secche in punti delle isole particolarmente pericolosi, come la secca di Capistello e quella del Bagno a Lipari, la secca di Capo Graziano a Filicudi, gli scogli appena affioranti delle Formiche a Panarea. Altri reperti provengono, inoltre, dalle aree di discariche portuali, ovvero da punti di approdo, in gran parte non più visibili, come la baia di Pignataro di Fuori a Lipari di fronte al Monte Rosa, dove le navi in sosta usavano scaricare anfore o vasi fratturati. Gli agenti atmosferici e l’azione erosiva del mare hanno, infatti, nel corso degli anni, modificato la conformazione delle coste delle isole e probabilmente ridotto o occultato punti di approdo più agevoli, soprattutto lungo la costa occidentale dell' isola di Lipari, oggi caratterizzata da scogliere impraticabili.
AI piano terreno, nelle sale XVI-XVIII, a sinistra dell'ingresso, sono state ricostruite tombe dell'età del Bronzo e dell'età del Ferro scavate nella vicina Milazzo negli anni '50 e '60, insieme a reperti provenienti da una necropoli di età greca.
- La Sezione di Vulcanologia introduce alla conoscenza delle caratteristiche geologiche delle isole Eolie, di origine vulcanica, attraverso la visione di plastici, carte e fotografie e l'esposizione di campioni delle rocce vulcaniche locali.